實時熒光定量聚合酶鏈式反應（PCR）指的是在PCR進行的同時，對其過程進行監測的能力（即實時）。因此，數據可在PCR擴增過程中，而非PCR結束之后，進行收集。這為基于PCR的DNA和RNA定量方法帶來了革命性的變革。在
熒光定量PCR(qPCR)中，反應以循環中檢測到目標擴增的時間點為特征，而非在一定循環數后目標分子累計的擴增量。目標核酸的起始拷貝數越高，則會越快觀察到熒光的顯著增加。相反，終點法檢測（也稱“讀板檢測”）測量的是PCR循環結束時累計的PCR產物量。
熒光定量PCR將PCR擴增和檢測合并為單一步驟。這樣就無需使用凝膠電泳進行產物檢測，更重要的是這一方法是真正定量的。在熒光定量PCR中，熒光染料被用來在熱循環中標記PCR產物。熒光定量PCR儀器在反應的對數期測定熒光信號的積累，獲得快速的PCR產物定量以及客觀的數據分析。
熒光定量PCR分析常見術語：
擴增子：PCR過程而產生的DNA短片段
擴增曲線：根據熒光信號相對于循環數而制作的曲線
基線：PCR起始時，熒光信號還未發生變化的幾個循環
Ct（閾值循環）：熒光信號超過NTC（無模板對照樣品）固定閾值時的循環數。用于對擴增質量進行驗證。
核酸目標：（也稱為“目標模板”）——需要擴增的DNA或RNA序列
惰性參比染料：一種可作為內部對照，以用于在數據分析時對報告基團染料信號進行均一化的染料。均一化是對因濃度或體積變化而隨之引起波動進行的必要校正。所有的SDSPCR試劑盒都提供了參比熒光對照。
Rn（均一化報告基團）：報告基團染料釋放的熒光強度除以惰性參比染料釋放的熒光強度
Rn+：一次反應的Rn值包含所有的組分，包括模板
Rn-：未反應樣品的Rn值。Rn值可通過以下方式獲取：
實時熒光定量PCR(qPCR)運行的早期循環（產生可被檢測的熒光信號之前的循環），或不含有任何模板的反應。
ΔRn(deltaRn)：在特定PCR條件設置下所產生的信號量級。
ΔRn可通過以下公式計算：(Rn+)–(Rn-)標準品具有已知濃度的A樣本，用于繪制標準曲線。通過使用不同濃度的標準品，您可構建用于未知樣品定量分析的標準曲線。
閾值：早期PCR循環時Rn值的平均標準差，乘以相應的校正系數閾值應當設定在PCR指數擴增時的相關區域。
未知：具有未知模板量的樣品。即，您需要進行檢測的樣品。
