熒光定量PCR就是測定樣品中某個模板的起始量ct值。但在實際操作過程中，由于之前DNA提等步驟，各個步驟存在不同的效率，在實驗過程中也存在加樣誤差、各孔溫度差等影響，每個樣本的Ct值并無法真實反映每個樣品中初始模版的絕對量，這就使得我們無法對不同處理的樣本進行分析評價。因此，我們需要一個參考標準對每一個樣本進行校正，排除其他無關因素帶來的的影響。
普通PCR儀與熒光定量PCR有什么差異?
普通的PCR儀比熒光定量PCR儀少了熒光信號采集系統和計算機分析處理系統，普通的PCR儀是做定性分析和擴增基因片段，而實時熒光定量PCR儀主要是用來定量分析和確定基因轉錄水平的，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，反之就可以了，況且這樣代價太大了，一般的實驗室都不允許這樣做的。總之兩者的功能不能互相取代。濕度傳感器探頭,不銹鋼電熱管PT100傳感器,鑄鋁加熱器,加熱圈流體電磁閥。
普通的基因擴增儀只能夠定性地分析是否存在目標片段。但是價格要低很多，而且運行成本也要低很多。不過不能直接得到擴增結果，還需要做電泳檢測。實際中檢測遺傳疾病，品種分子標記篩選，甚至親自鑒定等都可以由普通PCR儀完成。
但是，某些需要定量的實驗就必須用到實時定量PCR了。比如檢測某些病原物的數量(血液乙肝病毒復制程度)，特定基因的表達量(比如結合反轉錄做的RNA定量分析)，某些基因在染色體組中拷貝數等等。熒光定量PRC一般不需要對擴增產物進行電泳分析，操作相對簡單些，但是耗材實在是貴。
簡單來說，看有沒有用普通PCR儀，看有多少用熒光定量PCR。基因擴增儀只能擴增，不能檢測，便宜。熒光定量PCR儀除了擴增，還能在擴增的同時檢測DNA發出的熒光信號，試劑和儀器都更貴。
